随着冷库技术的进一步发展，安全问题正日益引起人们的重视，首先就是制冷剂的安全问题，氨制冷剂有毒，其在空气中的体积浓度达到0.5%~0.6%时就会使人中毒，浓度达到16%~25%时遇到明火就会发生爆炸，而氟利昂的容积浓度超过30%时，人就会休克死亡，因此2010年后修建的冷库都要求必须装配电子检漏仪等，并设立实时报警装置。
其次是压力安全，不管使用什么制冷剂，冷库设备，阀门仪表等都是在一定压力下工作，一旦压力超限，就会发生事故。因此一般的压缩机都有高低压保护装置，油压差保护，过电流保护等相关的保护设施用来防止压力过大带来的安全问题。
再次是冷库门安全问题，冷库门的全密封设计越来越普遍，但在截断冷桥的同时也截断了压力平衡的通道，有可能会造成冷库门断裂。另外透明门（帘）或空气幕被推广应用，可以避免因看不清冷库外或者冷库内的情况而相撞。在冷库门上设置安全脱钩门锁，万一有人被锁在冷库内，可以从冷库内将门打开，避免意外事故的发生。
